A hosszú éveken át tartó kiemelt státusznak a konferenciában 2024-ben vége lett, a csapat nem hozta a vártakat, ezért komoly átszervezésbe kezdtek. Megannyi év védőkoordinátor keresgélés után visszatért a korábbi sikerkovács az öbölbe, lefektették a következő évek magját, ideje friss termőfölddel betemetni őket. John Lynch azonban félreértelmezte a friss fogalmát.
Nem volt könnyű helyzetben a franchise, hiszen a salary cap szigora érdekében muszáj volt egy kisebb átszervezést levezényelni a rosteren, hiszen Brock Purdy hosszabbításának helyet kell adni, amibe nem fér bele ennyi nagy szerződés. Ezeknek a fő lépései a free agency során lezajlottak, az összes fontosabb szabadügynököt elengedték, és jobbára a tender szintű pénzekért megtartható játékosok maradtak erre az idényre, míg a piacról a legdrágább igazolásuk mindössze évi $5,25 milliót tesz zsebre. Ezekkel a lépésekkel jövőre kompezációs pickekkel gazdagodhatnak, Deebo Samuel és Jordan Mason elcserélésével pedig idei cetlikkel gazdagodott a paletta, és eltűnt az idei könyvelésből két nagyobb cap hit. A drasztikus lépés nem véletlen, John Lynch ugyanis pontosan tudja, hogy az NFL építőiparában mi a legolcsóbb építőanyag: a rookie szerződés.
A fenti lépésekkel a játékoskeret alaposan megtizedelődött, és minőségben is visszaesett, így a draftcetlikre nagyobb szükség volt, mint valaha – ahogy egy közel tökéletes draft classra is, és minél több a töltény, annál nagyobb az esély a találatra. Ennek érdekében a 49ers egyetlen egy draftpickjével sem hajtott végre cserét, aminek hála 11 újonc szerződésű játékossal lettek gazdagabbak. A lépésnek azonban ára van, ezeknek a fiataloknak minél hamarabb be kell kerülnie a kezdőbe, és helyt kell állniuk a profik között, különben ez a szezon könnyen mehet a levesbe. Mert Lynch ezzel a filozófiával ásta meg maga alatt a gödröt, egyszerre szeretne fiatalítani, keretet cserélni, ugyanakkor a PO közelében maradni, ami egy elég komoly vállalás, egyben könnyen derékba tud törni pályafutásokat, ha félremenedzselik az újoncaikat.