A Giants többéves szerződéshosszabbítást adott a general manager Joe Schoennek, annak ellenére, hogy a klub szervezeti struktúrája jelentősen átalakult John Harbaugh érkezésével. Ez gyakorlatilag azt jelenti, hogy a GM beállt a sorba Harbaugh mögé, és a főedző terveinek végrehajtója lesz a szervezeten belül.
Harbaugh kinevezése után Schoen belső befolyása csökkent, mivel a Giants szakított a korábbi modellel, ahol a head coach a general manager alá tartozott. Sőt, konkrétan az volt a várakozás, hogy Schoent kirúgja a csapat és egy olyan GM-et nevez ki, akit Harbaugh jóváhagy. A csapatnál viszont valamiért kedvelik Schoent, aki jó eséllyel hajlandó volt elfogadni az új hatalmi struktúrát és hierarchiát, ez pedig meggyőzhette a főedzőt, hogy hosszú távon is együtt tud dolgozni Schoennel.